随着 WhatsApp Web 的兴起，它面临着许多偏见和挑战，由于缺乏用户数据，WhatsApp Web 在隐私保护方面存在不足，可能会导致用户的个人信息泄露风险，WhatsApp Web 不支持某些功能，如语音和视频通话等，这限制了其使用范围，由于技术上的限制，WhatsApp Web 也难以实现一些高级功能，如群组管理、消息搜索等功能，由于网络环境的不稳定性和延迟问题，WhatsApp Web 的性能可能无法满足所有用户的需求，在开发 WhatsApp Web 时需要充分考虑这些因素，并采取相应的措施来解决这些问题。
WhatsApp Web 版本的最大问题是数据隐私泄露的风险，尽管 WhatsApp 正在不断努力提高用户数据的安全性，但网络攻击和恶意软件仍然不可避免地存在，许多用户担心，即便他们的个人数据被加密存储，第三方仍有可能通过其他途径获取或滥用这些信息，一些不法分子甚至利用漏洞入侵系统,窃取用户的个人信息。
软件性能问题
WhatsApp Web 版本的另一个挑战是其软件性能问题，随着越来越多的功能加入，如视频通话和文件共享，其服务器端的压力日益增大，这导致网站加载速度变慢，出现卡顿现象，特别是在网络条件不佳的情况下,用户体验会大大受到影响。
社交偏见与文化冲突
WhatsApp Web 版本还可能引发社交偏见和文化冲突，在全球化背景下，不同国家和地区间的文化差异逐渐显现，WhatsApp 旨在将全球用户统一起来，但在实现这一目标的过程中，可能会导致一些文化敏感话题和争议的爆发，某些国家对宗教信仰、性别平等等方面的看法可能与西方世界有所不同,这可能导致用户之间产生误解和矛盾。